Im Mittelpunkt des JR-Zentrums stehen Aktivitäten im Bereich der anwendungsorientierten Forschung. Unter der Verantwortung der Zentrumsleiterin/des Zentrumsleiters erfolgen diese Forschungsarbeiten durch Zusammenarbeit von Wissenschaft und Wirtschaft. Im Regelbetrieb des JR-Zentrums sind dabei wissenschaftliche und finanzielle Aspekte zu beachten.
Der Fortschritt der Forschungsarbeiten und deren wissenschaftliche Qualität wird über jährliche Berichte mitverfolgt und im Rahmen der Zweijahresevaluierung geprüft. Als Grundlage für die Evaluierung wird von der Zentrumsleitung ein Evaluierungsbericht erstellt. Zusätzlich präsentiert die Forschungsgruppe im Rahmen einer Evaluierungsveranstaltung die erreichten Ergebnisse des JR-Zentrums und skizziert die nächsten Schritte. Auf Basis der Evaluierungsveranstaltung und des Evaluierungsberichts erstellt schließlich eine Gutachterin/ein Gutachter ein schriftliches Gutachten, das dem JR-Senat zur Weiterbehandlung und zur Formulierung einer Empfehlung an das Kuratorium vorgelegt wird. Ein positives Evaluierungsergebnis ist die Voraussetzung für eine Verlängerung der Laufzeit des JR-Zentrums.
Die finanzielle Abwicklung des JR-Zentrums basiert auf einem jährlichen Rhythmus: Die Budgetgespräche mit den Unternehmenspartnern münden in einen verbindlichen Budgetplan für das nächste Kalenderjahr, der vom Kuratorium genehmigt wird. Die Mittelanforderung erfolgt auf Basis eines Finanzberichts, der mit der Jahresabrechnung abgeschlossen wird. Es gibt klare Regelungen zur Förderbarkeit von Kosten.